gradlew な branch を merge して試しに build してみてから気がついて以下を .gitignore に追加。

build/
.gradle/

git status 見てみるに .gradle/1.6 が対象になってしまってます。入門 Git 186p によれば以下で OK とのこと。

$ git rm --cached -f -r .gradle

–cached はインデクスにだけ作用して頂戴、という意味とのこと。